W 1903 roku mieszkańcy Marklowic założyli cmentarz, zbudowali dzwonnicę i salkę na terenie przyznanym jako teren cmentarny przy głównej drodze do Cieszyna. W salce odbywały się lekcje religii, szkółki niedzielne oraz godziny biblijne. Podczas II wojny światowej skonfiskowano dzwon. Nowy został zakupiony na początku sierpnia 1948 rokuy. W 1953 roku ogrodzono cmentarz płotem siatkowym z dwoma bramami, a także wyremontowano salkę katechetyczną i wieżę. 6 września 1953 roku o godz. 15.00 odbył się jubileusz pięćdziesięciolecia założenia cmentarza i kaplicy, w którym uczestniczył ks. Artur Gerwin. Za ofiarę zebraną w czasie tej uroczystości wykonano instalację elektryczną w salce, wykonano nową podłogę, naprawiono ławki i drzwi oraz założono nowe okiennice w wieży kaplicy.

Na naukę religii uczęszczały dzieci nie tylko z Marklowic, ale także z Pogwizdowa i Brzezówki. Lekcje prowadził ks. Artur Gerwin, a w poźniejszym okresie pani katechetka mgr Janina Kisza – Bruell. W tym też czasie odbywały się Szkółki Niedzielne, prowadzone przez panie: Molin i Chwastek, zaś od 1959 roku przez pana Jana Dygosia. Od 1955 roku odprawiane były godziny biblijne. Podczas kapitalnego remontu kaplicy w 1963 roku powiększono salkę katechetyczną. Oddzielono pomieszczenie na sprzęt grabarski i ubikację dla dzieci. W 1968 roku wstawiono nowe ławki.

W latach siedemdziesiątych godziny biblijne odbywały się zwykle w pierwszą niedzielę miesiąca. Przed świętami Wielkanocnymi i Bożego Narodzenia spotkania te były połączone ze spowiedzią i Komunią Świętą. Odprawiano także nabożeństwa żniwowe oraz „gwiazdki” dla dzieci pod kierunkiem ks. Jana Grosa i pana Dygosia. Przez 25 lat gospodarzem dbającym o cmentarz i kaplicę był Franciszek Czudek. Od stycznia 1978 roku obowiązki gospodarza przejął Ferdynand Gabryś.

Myśl o wybudowaniu nowej kaplicy powstała na zebraniu zborowników w lutym 1982 roku, z uwagi na wzrost liczby dzieci, brak miejsca i zły stan techniczny kaplicy, która już nie nadawała się do remontu. Zapoczątkowano formalności administracyjne i powołano komitet budowy, w skład którego weszli: ks. Jan Melcer, ks. Janusz Sikora, Wilibert Walica – inspektor budowy, Emanuel Olszar – gospodarz budowy, Irena Żmija – sekretarz. Członkami komitetu zostali: Gustaw Bocek, Jan Brudny, Edward Czudek, Ferdynand Gabryś, Władysław Harwot, Emil Konieczny, Jan Matloch, Halina Orawska, Józef Rucki, Paweł Stec, Franciszek Żyła. 29 maja 1982 roku dokonano wyboru projektu opracowanego przez inż. Edwarda Kisiela. Plan przewidywał, że będzie to obiekt dwukondygnacyjny o kubaturze 2800 m3, zaprojektowany na rzucie kwadratu. Na parterze usytuowano salę nabożeństw na 100 miejsc siedzących wraz z amfiteatralną emporą z 40 miejscami, organami i chórem. Na najniższej kondygnacji umieszczono zakrystię, salę katechetyczną, pomieszczenia sanitarne, kuchnię oraz kotłownię. Dzwon, przeniesiony ze starej kaplicy cmentarnej, umieszczono na bocznej ścianie obiektu. Po zatwierdzeniu planów i otrzymaniu zezwolenia na budowę, 3 sierpnia 1982 roku odbyło się poświęcenie ziemi pod budowę kościoła. Poświęcenia dokonał ks. Jan Melcer w asyście ks. Emila Gajdacza i ks. Janusz Sikory przy licznym udziale parafian i gości. Od 27 sirpnia 1982 roku rozpoczęto wykopy pod fundamenty nowej kaplicy. Większość prac wykonywano systemem gospodarczym.

27 maja 1984 roku ks. bp Janusz Narzyński, w asyście ks. Tadeusza Terlika oraz ks. Jana Melcera dokonał wmurowania kamienia węgielnego pod nowy kościół.

6 października 1985 roku odbyło się pierwsze nabożeństwo żniwowe w salce katechetycznej, gdzie już od września były prowadzone lekcje religii. 26 grudnia 1985 roku odprawiono pierwsze nabożeństwo w jeszcze surowej sali głównej kościoła. W październiku 1986 roku zostało założone koło niewiast i zapoczątkowane zostały spotkania pań odbywające się raz w miesiącu, a prowadzone do dnia dzisiejszego przez panią diak. Joannę Sikorę.

28 czerwca 1987 roku odbyła się uroczystość poświęcenia nowo wybudowanego kościoła. Aktu tego dokonał zwierzchnik kościoła ks. bp Janusz Narzyński, w asyście zwierzchnika diecezji ks. sen. Jana Szarka i ks. Jana Melcera.

W początkowym okresie nabożeństwa odbywały się co drugą niedzielę miesiąca, później już trzy razy w miesiącu. W okresie przedświątecznym odbywały się nabożeństwa spowiednio – komunijne. W latach dziewięćdziesiątych liczba nabożeństw wzrastała. Obecnie nabożeństwa odprawiane są w każdą niedzielę. Równolegle do nabożeństw odbywają się szkółki niedzielne dla dzieci. Oprócz szkółek i spotkań Pań, w każdy piątek odbywają się spotkania młodzieży.

Od początku opiekunem filiału jest ks. Janusz Sikora. Prezbiterami byli: Paweł Stec (1955-1976); Wilibert Walica (1976-1988), Anna Łabudek (1988-1993), Zdzisław Gabryś (1993-xxxx), Aneta Czudek (od xxxx).

Zobacz: 30 lat kościoła w Marklowicach – zdjęcia z budowy